東海道・山陽新幹線 東海道・山陽新幹線３００系［Ｆ編成］ 東海道・山陽新幹線３００系［Ｊ編成］ 東海道・山陽新幹線７００系［Ｃ編成］ 山陽新幹線０系［Ｑ編成（４両），Ｒ編成（６両）］ 東海道新幹線０系［Ｙ編成］ 東海道・山陽新幹線１００系［Ｘ，Ｇ編成］
特急型 函館運輸所キハ１８３系［北斗］ 函館運輸所７８９系［スーパー白鳥］ 札幌運転所１４系［急行はまなす］ 札幌運転所キハ１８３系［オホーツク・サロベツ］ 札幌運転所２４系［寝台特急北斗星］ 苗穂運転所キハ２６１系［スーパー宗谷］ 札幌運転所７８５系［スーパーカムイ］ 札幌運転所７８１系［ライラック，すずらん］
一般型 旭川運転所キハ１５０形［富良野線］ 釧路運輸車両所キハ５４形［根室本線］ 苗穂運転所キハ４０・１４１系［札沼線］ 苗穂運転所キハ１５０形［函館本線］ 苗穂運転所キハ２０１形［函館本線］ 札幌運転所７１１系［函館本線・千歳線・室蘭本線］ 札幌運転所７２１系［函館本線・千歳線・室蘭本線］ 札幌運転所７３１系［函館本線・千歳線・室蘭本線］ 苫小牧運転所キハ１５０形［室蘭本線］
盛岡支社 青森車両センター２４系［寝台特急あけぼの］ 青森車両センター４８５系［白鳥・つがる］ 青森車両センターＥ７５１系［つがる］ 八戸運輸区キハ１００形［大湊線］ 八戸運輸区キハ４８形［きらきらみちのく］ 一ノ関運輸区キハ１００形［北上線・大船渡線］ 盛岡車両センター７０１系［東北本線］ 盛岡車両センターキハ１００形［釜石線・山田線（三陸海岸沿のみ）］ 盛岡車両センターキハ１１０系［急行陸中→快速はまゆり］ 盛岡車両センターキハ１１０系［花輪線］ 盛岡車両センターキハ５８系［kenji］ 青森運転所１２系［ふれあいみちのく］ 青森車両センター４８５系［はつかり→つがる］ 青森運転所５８３系［はつかり・はくつる］ 青森車両センター７０１系［東北本線・津軽線］
秋田支社 秋田車両センター４８５系［かもしか］ 秋田車両センター５８３系［波動用］ 秋田車両センター７０１系［田沢湖線］ 秋田車両センター７０１系［奥羽本線・羽越本線・津軽線］ 秋田車両センターキハ５８系［旧急行よねしろ］ 南秋田運転所キハ１１０系［特急秋田リレー］
仙台支社 山形車両センター７０１系［奥羽本線（山形線）］ 山形車両センター７１９系［奥羽本線（山形線）］ 山形車両センターキハ１０１形［左沢線］ 小牛田運輸区キハ１１０系［陸羽東線・陸羽西線］ 小牛田運輸区キハ１１０系［石巻・気仙沼線］ 小牛田運輸区キハ１１０系［石巻線・気仙沼線］ 小牛田運輸区キハ４０系［石巻線・気仙沼線］ 小牛田運輸区キハ４８系［リゾートみのり］ 郡山総合車両センターキハ１１０系［磐越東線］ 郡山総合車両センターキハ４０系［磐越西線・只見線］ 仙台車両センター宮城野派出２０５系［仙石線］ 仙台車両センター４８５系［あいづ］ 仙台車両センター７０１系［東北本線・常磐線］ 仙台車両センター７０１系−１００代［東北本線・常磐線］ 仙台車両センター７０１系−ＬＥＤ車［東北本線］ 仙台車両センター７１９系［東北本線・仙山線］ 仙台車両センターＥ７２１系［東北線・常磐線］ 仙台車両センターＥ７２１系−５００代［仙台空港線］ 小牛田運輸区キハ５８系［旧急行月山］ 仙台車両センター宮城野派出１０３系［仙石線］ 仙台車両センター４１７系［東北本線・常磐線］ 仙台車両センター４５５系［東北本線・常磐線］ 仙台車両センター４５５系［東北本線・磐越西線］ 仙台車両センター５８３系［波動用］ 仙台電車区７１５系［東北本線］ 仙台車両センター７１７系［東北本線・常磐線］
水戸支社 勝田車両センター４１５系［常磐線・水戸線］ 勝田車両センター４８５系［波動用］ 勝田車両センターＥ５０１系［常磐線・水戸線］ 勝田車両センターＥ５３１系［常磐線］ 勝田車両センター６５１系［スーパーひたち］ 勝田車両センターＥ６５３系［フレッシュひたち］ 勝田電車区４８５系［ひたち］ 水郡線営業所キハ１１０系［水郡線］
高崎支社 高崎車両センター１０７系［上越線・両毛線・吾妻線・信越線］ 高崎車両センター１１５系［高崎線・上越線・両毛線・信越線・吾妻線］ 高崎車両センター高崎支所１２系［ＳＬイベント専用］ 高崎車両センター２１１系（元小山所属車）［東北線・高崎線］ 高崎車両センター２１１系［東北線・高崎線］ 高崎車両センター高崎支所キハ１１０系［八高線］
大宮支社 川越車両センター２０５系［埼京線］ 川越車両センター２０５系［川越線・八高線］ 川越車両センター２０９系［川越線・八高線］ 川越車両センター２０９系［川越線・八高線（元東臨車）］ 大宮総合車両センター１８３系［波動用］ 大宮総合車両センター１８５系［新特急草津・水上・あかぎ］ 大宮総合車両センター２５３系［彩野］ 浦和電車区Ｅ２３３系［京浜東北線］ 川越車両センター１０３系［川越線・八高線］ 川越車両センターＥ９９３系［AC train］ 宇都宮運転所キヤＥ９９１系［ＮＥトレイン］ 大宮総合車両センター１８９系［彩野］ 浦和電車区２０９系［京浜東北線］ 小山車両センター１１５系［東北線・高崎線］ 小山車両センター４８５系［きぬがわ・日光］ 小山車両センター１０７系［日光線・東北線］ 小山車両センターＥ２３１系［東北線・高崎線・湘南新宿ライン］
東京支社 田町車両センター１８５系［踊り子（Ａ，Ｃ編成）］ 田町車両センター１８５系−２００代［踊り子・はまかいじ他（Ｂ編成）］ 田町車両センター１８９系［波動用（臨時ムーンライトながら）］ 田町車両センター２１１系［東海道線］ 田町車両センター２１５系［東海道線（湘南ライナー）］ 田町車両センターＥ２３３系［東海道線］ 田町車両センター２５１系［スーパービュー踊り子］ 松戸車両センター２０９系［常磐線（各駅停車）・地下鉄千代田線］ 松戸車両センターＥ２３３系［常磐線（各駅停車）・地下鉄千代田線］ 松戸車両センターＥ２３１系［常磐線（快速）］ 尾久車両センター１４系［寝台特急北陸］ 尾久車両センター２４系［寝台特急北斗星・エルム］ 尾久車両センター２４系−９００代［夢空間］ 尾久車両センターＥ２６系［寝台特急カシオペア］ 尾久車両センターＥ６５５系［特別車両（なごみ）］ 東京総合車両センターＥ２３１系［山手線］ 松戸車両センター１０３系［常磐線（快速）］ 松戸車両センター２０３系［常磐線（各駅停車）・地下鉄千代田線］ 尾久客車区１４系［スーパーエクスプレスレインボー］ 尾久客車区１４系（座席車）［波動用］ 尾久車両センター（旧品川運転所常駐）２４系［寝台特急出雲（旧１，４号）］ 東京総合車両センター２０５系［山手線］
千葉支社 京葉車両センター２０１系［京葉線］ 京葉車両センター２０５系［京葉線］ 京葉車両センター２０５系［武蔵野線］ 京葉車両センター２０９系［京葉線］ 京葉車両センター２０９系［武蔵野線］ 京葉車両センターＥ２３３系［京葉線］ 京葉車両センターＥ３３１系［京葉線］ 幕張車両センター１８３系［（あずさ色）波動用］ 幕張車両センター２０９系［内房線・外房線・総武本線・成田線］ 幕張車両センター２１１系［内房線・外房線・総武本線・成田線］ 幕張車両センター２５５系［ビューさざなみ・ビューわかしお］ 幕張車両センターＥ２５７系［さざなみ・わかしお・しおさい・あやめ］ 幕張車両センター４８５系［ニューなのはな］ 京葉車両センター１０３系［京葉線］ 京葉車両センター１０３系［武蔵野線］ 幕張車両センター１１３系［内房線・外房線・総武本線・成田線］ 幕張車両センター１８３系［さざなみ・わかしお・しおさい］ 幕張車両センター１８９系［中央ライナー・ムーンライト信州］ 習志野電車区１０３系［中央・総武線］
横浜支社 国府津車両センター２０５系［相模線］ 国府津車両センターＥ２１７系［東海道線］ 国府津車両センターＥ２３１系［東海道線・湘南新宿ライン］ 国府津車両センターＥ２３３系［東海道線］ 鎌倉車輌センター２０５系［横浜線］ 鎌倉車輌センターＥ２１７系［横須賀線・総武線］ 鎌倉車輌センターＥ２５９系［成田エクスプレス］ 中原電車区２０５系［南武線］ 中原電車区２０５系［南武支線］ 中原電車区２０５系［鶴見線］ 中原電車区２０９系［南武線］ 国府津車両センター１１３系［東海道線・伊東線・御殿場線］ 鎌倉車輌センター２５３系［成田エクスプレス］ 中原電車区１０１系［南武支線］ 中原電車区１０３系（鶴見線営業所常駐）［鶴見線］
八王子支社 三鷹車両センター２０９系［中央・総武線］ 三鷹車両センターＥ２３１系［中央・総武線］ 三鷹車両センターＥ２３１系−８００代［地下鉄東西線］ 三鷹車両センターＥ２３１系−９００代［中央・総武線］ 豊田車両センター１１５系［中央本線］ 豊田車両センター１８３系［ムーンライト信州］ 豊田車両センターＥ２３３系［中央線・青梅線・五日市線］ 三鷹電車区１６５系［パノラマエクスプレス・アルプス］ 三鷹電車区２０１系［中央・総武線］ 三鷹電車区２０５系［中央・総武線］ 三鷹電車区３０１系［地下鉄東西線］ 豊田電車区１０３系［青梅線］ 豊田車両センター２０１系［四季彩］ 豊田車両センター２０１系−旧武蔵小金井電車区［中央線］ 豊田車両センター２０１系［青梅・五日市線］ 豊田車両センター２０１系［中央線］
長野支社 小海線営業所キハ１１０系［小海線］ 松本車両センター１２３系［中央本線・篠ノ井線］ 松本車両センターＥ１２７系［大糸線］ 松本車両センターＥ２５７系［風林火山編成］ 松本車両センターＥ２５７系［あずさ・かいじ］ 松本車両センターＥ３５１系［スーパーあずさ］ 長野総合車両センターキハ１１０系［飯山線］ 長野総合車両センター１１５系［長野地区］ 長野総合車両センター１１５系［中央本線］ 長野総合車両センター１８３・１８９系［旧あさま・はまかいじ・信越リレー］ 松本電車区１８３系［あずさ・かいじ］ 長野総合車両所１８９系［あずさ・かいじ・急行アルプス］
新潟支社 新潟車両センター１１５系［信越本線・上越線・白新線・越後線・弥彦線］ 新潟車両センターＥ１２７系［新潟地区］ 新潟車両センター４８５系［雷鳥・いなほ・はくたか］ 新潟車両センター１２系［ＳＬばんえつ物語・ＳＬ磐梯会津路号］ 新津運輸区キハ１１０系［信越本線・磐越西線・羽越本線］
電車 大垣車両区１１７系［東海道線］ 大垣車両区２１３系［飯田線］ 大垣車両区３１１系［東海道線］ 大垣車両区３１３−ＬＥＤ車［東海道線・飯田線］ 大垣車両区３１３系［東海道線・飯田線］ 神領車両区２１１系−０代［中央線］ 神領車両区２１１系［中央線・関西線］ 神領車両区３１３系−８０００代［セントラルライナー］ 神領車両区３１３系［飯田線・中央本線・篠ノ井線・信越本線］ 神領車両区３１３系［中央線・東海道線・関西線］ 神領車両区３８３系［東海道線・中央線・関西線］ 静岡車両区２１１系［東海道線］ 静岡車両区３１３系［東海道線・御殿場線・身延線］ 静岡車両区３７１系［あさぎり］ 大垣電車区１１３系［東海道線・中央線・関西線］ 大垣車両区１１９系［飯田線］ 大垣車両区２１１系［東海道線・関西線・飯田線］ 神領車両区１０３系［東海道線・中央線］ 神領車両区１１３系［中央線］ 神領車両区１６５系［東海道線・中央線・関西線］ 神領車両区３８１系［しなの・ちくま・波動用］ 静岡車両区１１３系−Ｃ編成［東海道線］ 静岡車両区１１３系−Ｔ編成［東海道線］ 静岡車両区１１５系［飯田線］ 静岡車両区１１５系［御殿場線・身延線・東海道線］ 静岡車両区１２３系［身延線］
気動車・客車 伊勢車両区キハ１１形［紀勢線・名松線・参宮線］ 美濃太田車両区キハ１１形［高山本線・太多線］ 美濃太田車両区キハ１１形（城北線籍車）［高山本線・太多線］ 名古屋車両区キハ７５形［急行かすが，快速みえ，武豊線］ 名古屋車両区キハ８５系［ひだ・南紀］ 美濃太田運輸区１４系（座席車）［波動用］
北陸支社 金沢総合車両所４１３系［北陸本線・湖西線］ 金沢総合車両所４１５系［北陸本線・七尾線］ 金沢総合車両所４７５系［北陸本線・富山港線］ 金沢総合車両所４８９系［急行能登（旧白山）］ 金沢総合車両所６８１系［サンダーバード］ 富山地域鉄道部富山運転センターキハ１２０［高山本線・富山港線］ 富山地域鉄道部糸魚川運転センターキハ１２０［大糸線］ 富山地域鉄道部富山運転センター高岡運転派出キハ５８系・キハ４０系［氷見線・城端線］ 金沢総合車両所４８５系［しらさぎ・加越・北越］ 金沢総合車両所４８５系［スーパー雷鳥・雷鳥・はくたか］ 富山地域鉄道部糸魚川運転センターキハ５２［大糸線］ 敦賀地域鉄道部４１９系［北陸本線・湖西線］
京都支社 京都総合車運転所１１３系［東海道線・山陽線・山陰線］ 京都総合運転所１１７系［湖西線・草津線］ 京都総合運転所４８５系［旧雷鳥・波動用］ 京都総合運転所５８３系［きたぐに］ 京都総合運転所キハ１８１系［はまかぜ］ 京都総合運転所１４系［シュプール＆リゾート・ムーンライト九州］
福知山支社 福知山電車区１１３系［舞鶴線・山陰本線］ 福知山電車区１１５系［舞鶴線・山陰本線］ 福知山電車区１８３系［北近畿地区］ 福知山電車区１１３系［福知山線・山陰本線］ 福知山運転所電車センター１１３系［福知山線・山陰本線］ 福知山運転所キハ６５［エーデル北近畿］
大阪支社 日根野電車区１０３系［阪和線・紀勢本線］ 日根野電車区新在家派出所１０５系［和歌山線・桜井線・紀勢本線］ 日根野電車区１１３系［阪和線・紀勢本線］ 日根野電車区新在家派出所１１７系［和歌山線・紀勢線］ 日根野電車区２０５系［阪和線］ 日根野電車区２２３系［阪和線・関西空港線］ 日根野電車区２８１系［関空特急はるか］ 日根野電車区２８３系［オーシャンアロー］ 日根野電車区３８１系［くろしお・急行くろよん］ 日根野電車区３８１系［くろしお］ 亀山鉄道部キハ１２０［関西本線］ 宮原総合運転所１１３系［東海道線・山陽線］ 宮原総合運転所１２系座席車［波動用（旧急行だいせん）］ 宮原総合運転所２０５系［東海道線］ 宮原総合運転所２４系［トワイライトエクスプレス］ 森ノ宮電車区１０３系−電動幕編成［大阪環状線・桜島線］ 森ノ宮電車区２０１系［大阪環状線・桜島線］ 奈良電車区１０３系［関西本線・奈良線・おおさか東線］ 奈良電車区２０１系［関西本線・奈良線・おおさか東線］ 奈良電車区２２１系［関西本線・大阪環状線・阪和線・桜井線・和歌山線］ 日根野電車区１６５系［阪和線・紀勢本線］ 宮原総合運転所１０３系［福知山線・東海道線］ 宮原総合運転所１１７系［東海道線・山陽線］ 宮原総合運転所２４系［銀河・日本海］ 森ノ宮電車区１０３系−手動幕編成［大阪環状線・桜島線］ 新和歌山車両センター１２系［きのくにシーサイド］
神戸支社 網干総合車両所明石品質管理センター１０３系［和田岬線］ 網干総合車両所１０３系［播但線］ 網干総合車両所２２１系［東海道線・山陽線］ 網干総合車両所加古川派出所１０３系［加古川線］ 網干総合車両所明石品質管理センター２０１系［東海道線・山陽線・福知山線］ 網干総合車両所明石品質管理センター２０５系［東海道線・山陽線・福知山線］ 姫路鉄道部キハ５８系［姫新線］ 網干総合車両所１１３系［東海道線・山陽線・赤穂線］ 加古川鉄道部キハ４０系［加古川線］
岡山支社 岡山電車区１０３系［岡山地区］ 岡山電車区１０５系［福塩線・山陽本線・伯備線］ 岡山電車区１１３系［岡山地区］ 岡山電車区１１５系［岡山地区］ 岡山電車区１１７系［岡山地区］ 岡山電車区２１３系［宇野線・山陽本線］ 岡山気動車区キハ１２０［姫新線，芸備線，津山線，因美線］ 岡山電車区気動車センターキハ４０系［岡山地区］ 岡山電車区１２３系［宇野線］ 津山鉄道部キハ４０系［姫新線，芸備線，津山線，因美線］
広島支社 広島運転所１０３系［山陽本線・呉線］ 広島運転所１０５系［可部線・呉線］ 広島運転所１１３系［山陽本線・呉線］ 広島運転所１１５系［山陽本線・呉線］ 広島運転所キハ１２０［福塩線・芸備線］ 広島運転所キハ４７［芸備線・可部線］ 下関総合車両所運用検修センター１０５系［宇部線］ 下関総合車両所運用検修センター１１５系［山陽本線・呉線］ 下関総合車両所運用検修センター１１７系［山陽線］ 下関総合車両所運用検修センター１２３系［小野田線］ 下関総合車両所運用検修センター新山口支所１２系［ＳＬやまぐち号］ 下関総合車両所運用検修センター新山口支所キハ１２０［美祢線・山陰本線］ 下関総合車両所運用検修センター新山口支所キハ４０系［美祢線・山口線・山陰本線］ 下関地域鉄道部下関車両管理室１４系（座席車）［波動用］ 下関地域鉄道部下関車両管理室２４系［寝台特急あさかぜ］
米子支社 浜田鉄道部キハ１２０形［三江線・山陰本線］ 木次鉄道部キハ１２０［木次線］ 後藤総合車両所出雲支所３８１系［やくも・スーパーやくも］ 後藤総合車両所キハ４０系，キハ３３系［米子地区］ 出雲運転所１４系［旧寝台特急出雲］ 後藤総合車両所キハ５８系［米子地区］
電車 高松運転所１１３系［予讃線・土讃線］ 高松運転所１２１系［予讃線・土讃線］ 高松運転所６０００系［予讃線・瀬戸大橋線］ 高松運転所７０００系［予讃線・土讃線］ 松山運転所７０００系［予讃線・土讃線］ 高松運転所１１１系［予讃線・土讃線］
気動車 高知運転所１０００系［土讃線］ 高知運転所キハ３２・５４系［土讃線］ 松山運転所キハ１８５系（ローカル仕様）［予讃線・内子線］ 松山運転所キハ３２系［土讃線］ 松山運転所キハ４７系［予讃線・内子線］ 徳島運転所１０００系［高徳線・徳島線・牟岐線］ 徳島運転所キハ４０系［徳島地区］ 高知運転所キハ５８系［土讃線］
電車 直方運輸センター８１３系［福北ゆたか線］ 直方運輸センター８１７系［福北ゆたか線］ 鹿児島総合車両所４１５系［日豊本線］ 鹿児島総合車両所４８５系［きりしま・ひゅうが］ 鹿児島総合車両所７１３系［日豊本線］ 鹿児島総合車両所７１７系［日豊本線・鹿児島本線］ 鹿児島総合車両所８１７系［日豊本線・鹿児島本線］ 唐津運輸センター３０３系［筑肥線］ 唐津運輸センター１０３系［筑肥線］ 熊本車両センター８１５系［鹿児島本線・豊肥本線］ 南福岡車両区４１５系［鹿児島本線・日豊本線・福北ゆたか線］ 南福岡車両区７８３系［かもめ・みどり・ハウステンボス］ 南福岡車両区７８７系［かもめ・みどり・有明］ 南福岡車両区８１１系［鹿児島本線・日豊本線］ 南福岡車両区８１３系［鹿児島本線・日豊本線］ 南福岡車両区８８５系［かもめ］ 門司港運転４１５系［鹿児島本線・日豊本線・福北ゆたか線］ 大分車両センター４１５系［鹿児島本線・日豊本線］ 大分車両センター４８５系［にちりん］ 大分車両センター８１５系［日豊本線］ 大分車両センター８８３系［ソニック］ 鹿児島総合車両所７８７系［つばめ］ 熊本車両センター７１７系［鹿児島本線・豊肥本線］ 南福岡電車区４８５系［ハウステンボス］ 南福岡電車区４８５系［にちりん］ 南福岡電車区７１５系［鹿児島本線・日豊本線］ 南福岡電車区８１７系［長崎地区］ 大分鉄道事業部７１７系［日豊本線］ 大分運輸センター７８３系［にちりん］ 大分運輸センター８１７系［日豊本線］
気動車 直方運輸センターキハ３１形［後藤寺線］ 直方運輸センターキハ４０形［後藤寺線］ 直方運輸センターキハ４０形［香椎線］ 直方運輸センターキハ７１系［ゆふいんの森Ｉ］ 鹿児島総合車両所キハ２００形［快速なのはな・指宿枕崎線・日豊本線］ 鹿児島総合車両所キハ２００形［快速なのはな・指宿枕崎線・日豊本線（転入車）］ 鹿児島総合車両所キハ４０系［指宿枕崎線・日豊本線・肥薩線・吉都線］ 唐津運輸センターキハ１２５形［唐津線・筑肥線］ 熊本車両センターキハ２００形［豊肥本線］ 大分車両センターキハ１２５形［久大本線・豊肥本線・筑豊本線（桂川〜原田）］ 大分車両センターキハ１８５系［ゆふ・九州横断特急］ 長崎運輸センターキハ２００形［豊肥本線］ 長崎運輸センターキハ６６，６７形［長崎本線，大村線，佐世保線］ 直方運輸センターキハ２００形［香椎線］ 直方運輸センターキハ２００形［篠栗線］ 直方運輸センターキハ６６，６７形［筑豊本線，篠栗線，後藤寺線］ 豊肥久大鉄道事業部キハ３１形［豊肥本線・久大本線］
客車 熊本車両センター１４系［寝台特急富士・はやぶさ］ 熊本車両センター２４系［寝台特急はやぶさ・富士・なは］ 豊肥久大運輸センター１２系（座席車）［久大本線］ 長崎運輸センター１４系［寝台特急さくら・富士］